כח ההבדלה בין דברים שונים הוא כח חשוב ביותר, והוא מבטא את אחד הכישורים השכליים של האדם, כמו שאמרו חז"ל: "אם אין דעת הבדלה מנין".

בפרשת תרומה נאמר: "והבדילה הפרוכת לכם בין הקדש ובין קדש הקדשים". זו הבדלה מיוחדת, שכן מצאנו הבדלה בין דברים שהם ממש מנוגדים ונבדלים, כמו שנאמר בפרשת שמיני "להבדיל בין הטמא לטהור", ומצאנו הבדלה בין קודש לחול, אבל כאן יש הבדלה דקה יותר, בין קודש לקודש, כלומר בין קודש רגיל לבין קודש הקדשים.

בזוהר הקדוש דרש כאן: "כל אינון דמשמשי תלמידי חכמים איתקריאו קודש, ותלמידי דרב איתקריאו קודש קדשים, ורזא דמילה קא רמיז בהון: והבדילה הפרוכת לכם בין הקדש ובין קדש הקדשים". בקודש היו השולחן המנורה והמזבח, אבל בקודש הקדשים נמצא ארון הברית ובתוכן לוחות העדות, שזו קדושת התורה והיא מעלה מיוחדת בקדושה מעל כל שאר המעלות. ובזה טעה קרח כשאמר "כי כל העדה כולם קדושים", שזה אמנם נכון, אבל הוא לא הבין שמשה ואהרן הם קודש קדשים.

וזה הוא לשון הרמב"ם בסוף הלכות שמיטה ויובל: " שבט לוי הובדל לעבוד את ה', ולא שבט לוי בלבד אלא כל איש שנדבה רוחו אותו להבדל לעמוד לפני ה' לשרתו הרי זה נתקדש קדש קדשים".