טרם הקמת המדינה, סברו הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל, הרב הראשי לישראל דאז, והרב מאיר ברלין, ראש תנועת המזרחי, שיש להקים ישיבה במקום בו הרביץ תורה רבן יוחנן בן זכאי לאחר חורבן הבית. ואכן, בעזרתו של מנחם אוסישקין הוקם מבנה הישיבה ביבנה, ובחודש חשוון תשי"ד החלה הישיבה לפעול.
"כרם ביבנה" היא הישיבה הראשונה שהוקמה ויועדה לבני הנוער חובשי הכיפות הסרוגות. ראש הישיבה הראשון, הרב חיים יעקב גולדוויכט זצ"ל, היה תלמידם של גדולי ישראל: הרב איסר זלמן מלצר, החזון איש, הרב מבריסק וחכמים אחרים. בראשית ימיה לא פעלה הישיבה במתכונתה הנוכחית כישיבת הסדר, אלא צורפה ל"בני עקיבא". כשנתיים לפני מלחמת ששת הימים החלה פועלת "כרם ביבנה" כ"אם ישיבות ההסדר", ומאז משמשת מודל לישיבות רבות, שהוקמו בעקבותיה. בזכות ראשוניותה קיבל ראש ישיבת "כרם ביבנה" את פרס ישראל בשם מפעל ישיבות ההסדר.
ציוני דרך של הישיבה, מיום היווסדה בחשוון תשי"ד
- ייסודה של ישיבה גבוהה לנוער הלאומי דתי, המחנכת לאהבת תורה, עם ישראל וארץ ישראל.
- ישיבת ההסדר הראשונה במדינת ישראל.
- קבלת פרס ישראל תשנ"א, בשם "מפעל ישיבות ההסדר" על ידי מייסדו ראש ישיבת כרם ביבנה, הרב חיים יעקב גולדוויכט זצ"ל.
- ייסוד כולל מיוחד לרבנות ולדיינות.
- יסוד מכון להכשרת מורים לתורה שבעל פה.
- ייסוד מסגרת להשתלמות מורים ומפקחים.
- כולל יום השישי.
- בית מדרש ללימודי תנ"ך וארץ ישראל.
- מפעל בקיאות בש"ס, תנ"ך, משנה והלכה.
- אלפי בוגרי ישיבת כרם ביבנה בארץ ובתפוצות ומתוכם למעלה מ- 600 מהם עלו להשתקע בארץ הקודש.
- מסירות מלאה לרמות הגבוהות ביותר של חינוך תורני.