בתחילת הפרשה מתרחש המפגש הגדול בין יוסף לבין יהודה – "ויגש אליו יהודה", ודרשו חז"ל על זה את הפסוק "כי הנה המלכים נועדו" – אלו יוסף ויהודה. יוסף מסמל את הצדיק ויהודה מסמל את בעל התשובה.

על יוסף אומר רש"י בתחילת פרשת שמות: "להודיע צדקתו של יוסף, הוא יוסף הרועה את צאן אביו, הוא יוסף שהיה במצרים ונעשה מלך, ועומד בצדקו", ובשעת הניסיון הגדול עם אשת פוטיפר הוא ברח החוצה ולא נכשל.

לעומת זאת על יהודה נאמר "וירד יהודה מאת אחיו", וברש"י: "שהורידוהו אחיו מגדולתו כשראו צרת אביהם, אמרו אתה אמרת למכרו, אילו אמרת להשיבו היינו שומעים לך", ובמעשה תמר נכשל עד שהודה ואמר צדקה ממני.

במהלך המפגש של האחים עם יוסף הם מתחילים תהליך של תשובה באמרם "אבל אשמים אנחנו על אחינו אשר ראינו צרת נפשו", והתהליך הזה של התשובה צריך להסתיים בשעה שיוסף מתגלה אליהם. זהו שיוסף אומר להם "ועתה אל תעצבו", וחוזר ואמר "ועתה לא אתם שלחתם אותי הנה כי האלהים", ודרשו חז"ל: "אין ועתה אלא לשון תשובה, שנאמר ועתה ישראל מה ה' אלהיך שואל מעמך כי אם ליראה את ה' ".

משום כך נאמר "ולא יכלו אחיו לענות אותו כי נבהלו מפניו", ומפרש רש"י: "מפני הבושה". זה הוא חלק מרכזי בתהליך התשובה כפי שאומרת הגמרא במס' ברכות דף יב: "כל העובר עבירה ומתבייש בה מוחלין לו כל עוונותיו", ומוסיף ר' יונה בספר שערי תשובה (א,כב) שיכלם האדם על עוונותיו מלפני ה' ית' כשיחשוב בגדולת ה' וכמה רבה רעת מי שהמרה את פיו.

במס' ברכות דף לד אמר ר' אבהו במקום שבעלי תשובה עומדים צדיקים גמורים אינם עומדים, וכן פסק הרמב"ם בהל' תשובה (ז,ד): "ואמרו חכמים מקום שבעלי תשובה עומדים אין צדיקים גמורים יכולים לעמוד בו, כלומר מעלתם גדולה ממעלת אלו שלא חטאו מעולם".

וכתב שם האור שמח שזה הוא יסוד דברי הגמרא במס' סוטה דף י: "אמר רב חנין בא ביזנא אמר ר' שמעון חסידא: יוסף שקידש שם שמים בסתר זכה והוסיפו לו אות אחת משמו של הקב"ה, יהודה שקידש שם שמים בפרהסיא זכה ונקרא כולו על שמו של הקב"ה". זה הוא ביטוי לגדולת מעלתם של בעלי תשובה.

הוסיף על כך בספר פרי צדיק בפרשה זו שהגאולה תהיה על ידי שני משיחים, בן יוסף ובן דוד, שיחברו את נפשות ישראל הצדיקים שלא פגמו כלל עם הנפשות שחזרו בתשובה ותיקנו מה שפגמו. ובאמת בכל אדם יש חלקים בנפשו בבחינת צדיק שלא נפגם ויש חלקים בנפשו שנפגמו וצריכים תיקון, וזו היא הגאולה לכל אדם כאשר הוא זוכה שחלק הצדיק שבקירבו מעורר את החלק האחר לחזור בתשובה ולתקן, ואז מתברר שעמך כולם צדיקים.