ה"שפת אמת" (במדבר, תרס"ג) כותב ביחס לתוכן ספר במדבר:

וזה שבחן של ישראל – "לכתך אחרי במדבר", שנמשכו אחר הנהגת השי"ת שלא בדרך הטבע. וכל חומש הפקודים, ספר במדבר, הוא שבחן של ישראל שנדברו אחר השי"ת. דבני ישראל יש להם חלק בתורה, כמ"ש בזוה"ק: קוב"ה ואורייתא וישראל כולהו חד. ובראשית שמות - בחינת הקב"ה במעשה בראשית וביציאת מצרים. ויקרא - עיקר מצות התורה. במדבר - שבחן של ישראל. ודברים - בחינת משה רבינו ע"ה.

ומבואר ע"פ חז"ל (אבות ו, י) שחמישה קנינים קנה הקב"ה בעולמו, וישראל קנין אחד, ולכן חומש אחד מחומשי התורה הוא בסידור מנין בני ישראל.

כך מופיע בספר הזוהר (ח"א קע"ו):

פתח רבי יוסי ואמר: "מִי זֹאת עֹלָה מִן הַמִּדְבָּר כְּתִימְרוֹת עָשָׁן" (שה"ש ג, ו)... בא וראה בזמן שהלכו במדבר, השכינה הלכה לפניהם והם הלכו אחריה, כדכתיב וה' הולך לפניהם יומם בעמוד ענן לנחותם הדרך, ולכן כתוב: "כֹּה אָמַר ה' זָכַרְתִּי לָךְ חֶסֶד נְעוּרַיִךְ אַהֲבַת כְּלוּלֹתָיִךְ לֶכְתֵּךְ אַחֲרַי בַּמִּדְבָּר" (ירמיהו ב, ב).

חז"ל מבארים, שאותה הליכה של עם ישראל במדבר היא יצרה את האהבה של הקב"ה לכנסת ישראל: "זָכַרְתִּי לָךְ חֶסֶד נְעוּרַיִךְ אַהֲבַת כְּלוּלֹתָיִךְ". הרי שספר במדבר מתאר את שבחן של ישראל, כפי שכתב השפת אמת.

על הפסוק בשיר השירים: "נָגִילָה וְנִשְׂמְחָה בָּךְ נַזְכִּירָה דֹדֶיךָ מִיַּיִן מֵישָׁרִים אֲהֵבוּךָ" (א, ד), כותב רש"י:

הם מזכירים לפניו חסד נעורים, אהבת כלולות, לכתם אחריו במדבר, ארץ ציה וצלמות וגם צדה לא עשו להם, והאמינו בו ובשלוחו, ולא אמרו היאך נצא למדבר לא מקום זרע ומזונות והלכו אחריו. והוא הביאם לתוך חדרי היקף ענניו, בזו עודם היום גלים ושמחים בו אף לפי עניים וצרתם ומשתעשעים בתורה, ושם מזכירים דודיו מיין ומישור אהבתם אותו.

הרי שעם ישראל הלכו אחר ה' ברצון ושמחה ובטלו את ישותם לרצון ה', ולכן נקרא דור המדבר בשם "דור דעה" כי ישנם ג' מדרגות בהשגה הרוחנית חכמה בינה ודעת.

1. חכמה - היא בירור התוכן הכללי הנקבע ע"פ התכלית.


2. בינה - היא ההתבוננות בפרטים הנצרכים לשם ההוצאה לפועל.


3. דעת - היא בחינת החיבור וההדבקות כמ"ש "כי ידעתיו".

ופרש"י: "לשון חיבה, וכן ואדעך בשם" - התדבקות בה' ללא הפסק. דור המדבר הוא "דור דעה" שהיו דבקים בה' בלי הפסק.

ולכן ההנהגה של דור המדבר היתה מידה כנגד מידה, שזכו להנהגה על-טבעית: עמוד הענן הגן עליהם מהמזיקים, כיבס את בגדיהם וסלל להם את דרכם, עמוד האש האיר להם בלילה בארה של מרים הלך אתם במדבר, וזה משום שהם היו במדרגת בחינת "דעת" - שהיו מחוברים וקשורים להקב"ה בלי הפסק. ולכן ספר במדבר פותח בתיאור מסעות בני ישראל שהיו חונים בכל ד' רוחות והשכינה היתה באמצע  - "יַחֲנוּ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מִנֶּגֶד סָבִיב לְאֹהֶל מוֹעֵד" (במדבר ב, ב). צורה זו של חניה באה להראות את הדביקות של עם ישראל בקב"ה, שהשכינה והארון באמצע וכולם פונים אל מול השכינה, כי כל כוחם של עם ישראל הוא מכח השכינה השורה בתוכם. וע"ז אמר התנא באבות (ב, יב) "וְכָל מַעֲשֶׂיךָ יִהְיוּ לְשֵׁם שָׁמַיִם" - שכל מה שאתה עושה תכוון לתכלית השם.

פרשת במדבר באה תמיד לפני חג השבועות כהכנה לקבלת התורה. חז"ל דורשים על הפסוק: "וַיְדַבֵּר ה' אֶל משֶׁה בְּמִדְבַּר סִינַי" (במדבר א, א) , ד"כל מי שאינו עושה עצמו הפקר כמדבר אינו יכול לקנות את התורה" (תנחומא במדבר, ו). מה פירוש "עושה עצמו הפקר כמדבר"? כותב ה"שפת אמת": "מִדְבָּר מלשון דיבור והנהגה... להיות נמשך אחר הנהגת הקב"ה". אדם צריך לבטל את עצמו לה' יתברך ולהבין שהכל מונהג ע"י ה' יתברך, וכמו שבמדבר עם ישראל נמשך אחר הקב"ה, בחינת "לֶכְתֵּךְ אַחֲרַי בַּמִּדְבָּר בְּאֶרֶץ לֹא זְרוּעָה", כך כל אדם צריך להרגיש עצמו כמדבר ולקבל את הנהגת הקב"ה ללא כל שאלות. וזהו "עושה עצמו כמדבר" - שמבטל את הישות שלו להנהגתו יתברך, כמדבר שהוא הפקר לכל. רק כך ניתן להגיע לקבלת התורה שעליה נאמר: "וְדִבַּרְתָּ בָּם" (דברים ו, ז) - שהיא חיות הכל, ועל ידיה זוכים לחיים ואריכות ימים ושנים.