מרן ראש הישיבה זצ"ל קיבל את פרס ישראל בשנת התשנ"א על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה למפעל ישיבות ההסדר.
הרעיון לשילוב בין ספרא וסייפא, שירדו יחדיו כרוכים מן השמים - לימוד בישיבה ושירות בצבא - עלה כמה פעמים, עד שהתמסד וקיבל את דמותו הנוכחית. היה זה הרב צבי יהודה מלצר זצ"ל ראש ישיבת הדרום ברחובות, שרצה לקיים ניסיון ייחודי שיפתור את בעיית גיוס בני הישיבות לשירות בצה"ל, תוך כדי קיום לימודי תורה סדירים, כמקובל בישיבות.
זכה הרב חיים יעקב גולדויכט זצ"ל, ראש ישיבת "כרם ביבנה", שהקים בשנת תשי"ד את ישיבת ההסדר הראשונה, ופעל הן במגעיו עם צה"ל והן בקשר עם בני עקיבא ועם תלמידיו, לייסד דגם מקורי. ישיבת "כרם ביבנה" הייתה הישיבה הראשונה שלאחר ייסודה שילבה בפועל שירות בצבא ולימוד בישיבה. עברו שנים אחדות ובעיקר לאחר מלחמת ששת הימים, צמחו ישיבות הסדר נוספות.
ישיבות ההסדר פרושות על פני כל מפת הארץ מן הצפון ועד הדרום
לישיבת ההסדר שלוש מטרות עקריות: אהבת התורה, אהבת ישראל, ואהבת ארץ ישראל: חינוך לתורה של בני תורה ותלמידי חכמים המאמינים במפעל התחייה הלאומית ומדינת ישראל, ברוח ערכי הציונות הדתית, שיתוף תלמידי ישיבה בחובת השירות הבטחוני בצבא ההגנה לישראל ומתן אפשרות לחיילים בני תורה ללמוד ולשרת כאחד. העלאת תרומה התיישבותית, חלוצית, חברתית מוסרית ליישובה של מדינת ישראל בצביון דתי לאומי. מסירות הנפש וההקרבה של תלמידי ישיבות ההסדר בלימוד תורה תוך כדי לחימה היו לשם דבר בתולדות תקומת עם ישראל בארץ ישראל, וזכו לציון מיוחד ב"מלחמת יום הכיפורים".
רוח חדשה של תורה לשמה, אמונה עמוקה ומסירות נפש לעם ישראל מנשבת מישיבות ההסדר. ישיבות ההסדר מוכיחות, שניתן לקיים מדינה יהודית מודרנית תוך הקפדה ושמירה על מצוות התורה.
נימוקי ועדת השופטים
"ועדת השופטים של פרסי ישראל בתחום של תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה החליטה להעניק את פרס ישראל לשנת התשנ"א למפעל "ישיבות ההסדר".
בישיבות ההסדר לומדים כיום כ- 3,300 ממיטב הנוער הישראלי, המשלבים לימוד תורה לשמה יחד עם שירות פעיל ביחידות קרביות וביחידות עילית בצבא ההגנה לישראל.
ישיבות ההסדר מגשימות בדרכן המיוחדת את החזון הציוני, בשילוב של ספרא עם סייפא. מפעל ישיבות ההסדר הוא חידוש ויצירה מקורית במדינת ישראל המתחדשת, שלאחר חורבן מרכזי התורה באירופה בשואה ונעשתה למרכז לימוד התורה. בחורי ישיבות ההסדר הפזורים ברחבי המדינה, ובעיקר ביישובי פיתוח וספר, משתלבים בחיי החברה במקום לימודם, תוך מילוי כל החובות כלפי המדינה. בני התורה ואנשי החיל הלומדים בישיבות ההסדר משמשים גם דוגמה למיזוג גלויות ולקליטת עלייה. בני ישיבות הסדר הצטיינו בשירותם הצבאי במסירות נפש במערכות על תקומת ישראל. בוגרי ישיבות ההסדר נוטלים חלק פעיל במשימות שהמדינה עומדת לפניהן ומגשימים לימוד וקיום של תורת ישראל יחד עם יישוב ארץ ישראל ועם אהבת עם ישראל.
על כל אלה זכה מפעל ישיבות ההסדר בפרס ישראל לשנת התשנ"א.
השופטים: פרופ' יעקב נאמן , יו"ר ישראל פולק, שמואל שניצר".