היחס של גדולי ישראל לדגל אינו אחיד. במאמר אחר כבר ציינו את יחסו של הרב סולובייצ'יק זצ"ל לדגל ישראל. מנגד מזלזל הרב משה פיינשטיין זצ"ל בדגל. בתשובה לשאלה אם מותר להכניס דגל לביהכ"נ, כתב שאמנם אין בזה איסור, אך "הוא עניין הבל ושטות", ומן הראוי לסלקו, אך לא בדרך של מחלוקת (שו"ת אגרות משה ח"א סי' מו).

לרב קוק זצ"ל נקרתה הזדמנות להביע דעתו בנושא הדגל, כאשר מלך אנגליה מסר את דגל הגדודים העבריים, שלחמו בצד אנגליה במלחמת העולם הראשונה, כדי שיניחוהו במשמר בבית כנסת בירושלים. הדגל אכן הוכנס לביהכ"נ 'החורבה' בשנת תרפ"ה. בעיתונות הארצישראלית דאז תואר הטכס כיום היסטורי בתולדות א"י, שכמותו לא ידע העם היהודי "מזה אלפיים שנה". "מתוך גאווה לאומית והכרה עצמית, נשבעו חלוצי הגדוד העברי להגן על דגלם העברי... ואת הדגל הזה, דגל העם העברי, מחזירים עתה למקומו, למרכז האומה העברית, לירושלים, והדגל הזה נתקדש אח"כ ע"י הגדוד העברי בקדושת הגוף, בקדושת דמים... והלב מתרחב מרוב שמחה, והעין דומעת דמעות גיל, יש לנו דגל".

גם הקהל הגיב בהתלהבות. יותר מעשרת אלפים איש הריעו שעה שהדגל עבר ברחובות ת"א, וכך היה גם בירושלים, שם הועבר בתהלוכה, בליווי תזמורת המשטרה, עד שהגיע לעיר העתיקה. העיתונות הערבית כעסה, והוועד הפועל הערבי אף הזהיר את פלומר, הנציב העליון, שאם לא יבטלו האנגלים את הטקס, הוא לא יהיה אחראי לתוצאות. תגובתו של פלומר הייתה "אין אתם רבותי מתבקשים להיות אחראים לדבר, אני הוא האחראי, ואני אהיה שם".

הרב קוק שהשתתף בטקס, נשא נאום, ואף חיבר תפילה מיוחדת לכבוד האירוע. בתחילת דבריו הזכיר הרב מדרש מהפרשה, עה"פ "איש על דגלו לבית אבותם", שכאשר נתגלה הקב"ה על הר סיני, "ירדו עמו רבבות של מלאכים, והיו כולם עשויים דגלים דגלים. התחילו ישראל מתאווים לדגלים. א"ל הקב"ה, חייכם שאני ממלא משאלותיכם. "נרננה בישועתך ובשם אלקינו נדגול, ימלא ה' כל משאלותיך". מיד הודיעו הקב"ה ואמר למשה לך עשה אותם דגלים כמו שנתאוו".

הרב ראה את הדגל שבמדרש כפשוטו, וע"כ לא התנגד להכנסתו לביהכ"נ. לדעתו הדגל מסמל את התחלת הגאולה ואת השאיפה הלאומית וייחודנו להיות ממלכת כהנים, והחיילים נושאי הדגל הם "כצבאות קודשים, כמלאכי השרת נדמו לי". כמו"כ מזכיר הדגל גם את הקדושים שמסרו נפשם על כיבוש א"י, ובכלל מסמל הדגל את "ראשית צמיחת ישועתנו", ואפשר לקרוא עליו "נרננה בישועתך ובשם אלקינו נדגול, ימלא ה' כל משאלותיך", ובפסוק זה סיים את נאומו (וע"ע באריכות במאמרו של הרב שבט, 'המעיין' ניסן תשסט).